Studierende und Promovierende, die gemeinsam mit anderen Stipendiatinnen und Stipendiaten intensiver zu einem bestimmten Thema arbeiten möchten, können sich in Arbeitsgemeinschaften zusammen schließen. Diese Gruppen werden formal von der Delegiertenkonferenz eingerichtet und finanziell durch das Evangelische Studienwerk unterstützt. Die Arbeitsgemeinschaften sind selbständig tätig, werden auf Wunsch jedoch von der Studienleitung begleitet.

Die Arbeitsgemeinschaften schlagen eine Brücke zwischen Wissenschaft und Gesellschaft und prägen das Profil des Evangelischen Studienwerks. Derzeit reicht das Spektrum der Arbeitsgemeinschaften von Themen wie »Afrika« über »Ethik der Medizin« bis zu »Protestantismus«. Die Arbeitsgemeinschaften treffen sich ein- bis zweimal jährlich, diskutieren intern, laden Referenten ein oder unternehmen eine Exkursion. Aus Arbeitsgemeinschaften gehen auch größere Tagungen oder Seminare bei der Sommeruniversität hervor.